नीम केक जैविक खाद जड़ों को नेमाटोड, मिट्टी के ग्रब्स और सफेद चींटियों से बचाता है, शायद इसके अवशिष्ट लिमोनोइड सामग्री के कारण। यह कीटनाशक गुणों के साथ एक प्राकृतिक उर्वरक के रूप में कार्य करता है। नीम केक का उपयोग भारत में धान, कपास और गन्ने को खाद देने के लिए किया जाता है। यह मिट्टी में क्षारीयता को कम करता है, क्योंकि यह अपघटन पर कार्बनिक एसिड का उत्पादन करता है।